超純水は、ブロット法の多くの処理に利用されています：サンプル、緩衝液、ゲル、および洗浄液の作成。ブロット法それ自体の前に、サザンまたはノーザンブロット法いずれの場合でも、サンプル作成には、原材料(それぞれDNAまたはRNA)の保護に使用する水の品質に特別な注意を払う必要があります。
主なサンプル作成の処理には、抽出による単離、増幅、および塩基対二次構造の形成を防止するためにRNAを変性させる前処理があります。
水質パラメータ
- イオン
荷電分子は、溶液(緩衝液、サンプルなど)全体の電荷を変化させることで、遊走中に電気泳動処理に悪影響を及ぼし、その結果、泳動が速くなることや、遅くなるすることがあります。
ハイブリダイゼーション処理中のイオン濃度も重要です。適切な条件でハイブリダイゼーションを実行するために、イオン濃度に留意する必要があります。実質的にイオンフリーの水(25℃で比抵抗値18.2MΩ•cm)で開始すると、適したイオン強度およびpHで緩衝液を作成できます。
- 有機物
有機物は、ハイブリダイゼーション処理に悪影響を及ぼします。負の電荷に帯電している有機物は、DNAまたはRNAの代わりに非特異的に結合することができます。正の電荷に帯電している有機物は実際に、DNA/RNAおよびオリゴヌクレオチドに結合でき、ハイブリダイゼーション処理に悪影響を及ぼします。そのため、有機物含量の点で優れた水質を確保するには低いTOC(総有機体炭素）値(10ppb未満、10μg/L未満)が推奨されます。
- ヌクレアーゼ
ヌクレアーゼは核酸サンプルを分解します。限外ろ過を利用して、これらの酵素を効率的に取り除くことができます。限外ろ過膜は超純水システムシステムの出口に取り付けられます。詳細については、「ヌクレアーゼフリー水」の項をご覧下さい。
- 細菌
細菌はヌクレアーゼを放出し、これが核酸サンプルを分解します。細菌はDNAを保有するため、これが検出すべきDNAと干渉することがあります。最終的に、細菌はイオンおよび有機物を放出し、これらがブロット法処理に悪影響を及ぼします。限外ろ過膜(BioPak)で精製した水の細菌レベルは0.1cfu/mL未満です。
要約すると、ブロット法に関連する処理全体を考慮した場合、水はヌクレアーゼフリーかつ細菌フリーとし、比抵抗値を高く、TOC(総有機体炭素）を低く保つ必要があります。 超純水を製造する純水装置の採水口(出口)に限外ろ過装置を取り付けることで、このような条件すべてを達成することができます。詳細な情報については、次の項をご覧下さい：「ヌクレアーゼフリー水」、「ゲル電気泳動」、「PCR」、および「DNAシークエンシング」。
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